Vëllezërit kryejnë teknikën e ndaluar alkimike të shndërrimit njerëzor në një përpjekje për ta ringjallur atë kur Trisha vdes nga murtaja. Si rezultat, shndërrimi dështon dhe në ligj me shkëmbim të barabartë, këmba e majtë dhe i gjithë trupi i Edward-it i Alphonse janë shkatërruar. Edward humbet krahun e tij të djathtë për të shpëtuar shpirtin e Alphonse, duke e lidhur atë duke pasur një vulë gjaku në një armë. Roy Mustang fton Eduardin të bëhet një metodë për të rivendosur trupin e Alphonse që do të hulumtohet nga një Alkimist i Shtetit. Edward triumfon, duke u bërë emri sipas gjymtyrëve të tij protezë, Alkimisti Fullmetal.
Tre vjet më vonë, Elrics kërkojnë gurin legjendar të Filozofit për të realizuar qëllimet e tyre. Markooli dërgon shënimet e tij për tu gjetur prej tyre, megjithatë ata mësojnë faktorin thelbësor për të bërë me të vërtetë Guri janë sakrificat njerëzore. Shoku i Mustang, Maes Hughes, vazhdon kërkimet e tyre, por u qëllua për vdekje me një Zili të maskuar për gjetjen e strategjive të Homunculi.
Duke parë me Izumin, Elrics mësoi që transmutimi njerëzor ishte kryer nga ajo mbi fëmijën e saj të vdekur. Lakmia homunculus mashtrues kap Alphonse, por shpëtohet nga presidenti i Amestris, mbreti Bradley, që tregohet se funksionon si zemërimi i homunculus. Lakmia është shkrirë dhe përthithur brenda Atit krijues të Homunculi. Winry dhe Elrics kthehen në Qytetin Qendror për të shkuar me Hughes por mësojnë për vdekjen e tij. Togeri Maria Ross është përgatitur për vrasjen e Hughes, por me sa duket është vrarë nga Mustang. Megjithatë, Edward mëson se largimi i Ross u organizua në mënyrë që ajo të mund të kontrabandohej nga Mustang nga shtetet e bashkuara në Xing, të ndihmuar nga princi Xingese Ling Yao. Hohenheim ribashkohet me Edward por e përbuz atë për mungesën e tij të gjatë në vendbanim.
Ndërsa tregimi përparon, Homunculi haset nga protagonistët në mënyrë të përsëritur. Mustang vret epshin; Mustang dhe Ling kap Gluttony, megjithatë ai përfundon duke konsumuar Zili në nul të tij, dhe Edward, barkun si Ling. Gluttony merr Alphonse për të takuar Atin, por Ling kthehet drejt në një homunculus, posaçërisht avatar i ri i Lakmisë, kur të tjerët shpëtojnë nga barku i Gluttony. Elricët lirohen për të vazhduar ndjekjen e tyre me kusht që babai të mos kundërshtohet nga ata.
Gjetja e një tuneli nëntokësor nën Briggs, gjenerali Olivier Armstrong gjeti Father and the Elrics ka krijuar një grup kombëtar të transmutimit dhe synon t'u japë qytetarëve të tij në mënyrë që ai të jetë në gjendje të ngjitet në perëndishmëri. Lakmia rimëkëmbet tradhton Atin dhe kujtimet e tij të mëparshme, duke u bashkuar me të, dhe Edward, miqtë e chimera të Kimblee Hohenheim. Hohenheim u zbulon bijve të tij individualisht se ai nuk është i vdekshëm, i kthyer drejtë në një Gurë Filozofi të gjallë nga Babai katërqind vjet mbrapa.
Dita e Premtimit arrin dhe Babai përgatitet të fillojë strategjinë e tij duke pasur një eklips dhe ata që u përpoqën për transmutim njerëzor si sakrificat e tij që janë thelbësore. Protagonistët e ndryshëm bien ndesh me miqtë e Atit, me të gjithë Homunculin që skadon. Pas një Mustang të detyruar, si dhe Elrics, Izumi, Hohenheim janë mbledhur pasi shkaqet që babai aktivizon transmutimin kombëtar. Sidoqoftë, Scar dhe Hohenheim aktivizojnë amestianët që të shpëtohen nga kundërmasat. Lakmia është shkatërruar nga babai, megjithëse babai është përballur mbi tokë ku protagonistët e luftojnë atë për të shkatërruar gurin e tij të filozofit.
Alphonse, forca të blinduara të të cilit është shkatërruar gjatë konfliktit të fundit kundër Atit, i jep shpirtin e tij për të rifituar krahun e djathtë, i cili nga ana tjetër shkatërron Gurin e Atit, duke e dërguar përsëri në Portën eterike të së Vërtetës së Eduardit. Edward humbet fuqinë e tij për të bërë alkimi për të rikuperuar shpirtin dhe trupin e Alphonse. Hohenheim sheh varrin ku vdes duke pasur një buzëqeshje nga Trisha.
