Seriali zhvillohet katër vjet pas ngjarjeve të Magical Girl Lyrical Nanoha StrikerS, gjatë së cilës vajza magjike Nanoha Takamachi shpëtoi dhe adoptoi një vajzë të re me emrin Vivio, e cila është rimishërimi i Sankt Kaiser, Olivie Segbrecht. Pasi hyri në vitin e katërt të shkollës fillore, Vivio i jepet pajisja e saj e inteligjencës, Zemra e Shenjtë, dhe fiton fuqinë për t'u transformuar duke përdorur mënyrën e saj të rritur Sankt Kaiser. Ajo së shpejti has një vajzë të quajtur Einhart Stratos e cila, e ngjashme me Vivio, është pasardhëse e një sundimtari tjetër të Sankt Kaiser, Claus GS Ingvalt. Ndërsa Einhart vendoset të provojë se stili i saj i luftimit është më i forti, Vivio miqësohet me të dhe, së bashku me miqtë e saj, hyn në një turne të arteve marciale ku ata luftojnë kundër kundërshtarëve të ndryshëm magjikë dhe mësojnë më shumë për jetën e tyre të kaluar.
