Bazuar në një lojë popullore otome, Hakuouki ndjek Chizuru dhe Shinsengumi në një realitet alternative. Chizuru udhëton në Kioto në kërkim të babait të saj të zhdukur, por pasi u përfshi në një incident, përfundoi se u mor nga Shinsengumi, ku ajo takohet me anëtarët përfshirë Hijikata Toshizo dhe Okita Soshi. Babai i Chizuru ishte duke kryer hulumtime qeveritare për forcimin e Shinsengumi dhe zhvilloi ochimizu. Oochimizu është një formulë që i jep demon si forcë dhe efekte rigjenerimi, por pasi të merret një herë, përdoruesi përjeton dhimbje ekstreme dhe përfundimisht shndërrohet në një përbindësh të uritur me gjak.
Në përpjekje për të mbrojtur Chizuru, Hijikata merr ochimizu dhe megjithëse situata u shpëtua, ai tani është i prekur nga sëmundja. Okita gjithashtu detyrohet të marrë formulën kur tuberkulozi i tij e pengon atë të mbrojë Chizuru dhe veten e tij. Duke u ndjerë përgjegjëse për veprimet e tyre, Chizuru duhet të luftojë ndjenjën e saj të pafuqisë dhe të gjejë guximin për të mbështetur Shinsengumi.
